Постановление о заключении Шмакова под стражу вынес 29 апреля Кировский районный суд Уфы по запросу сотрудников УФСБ. Адвокаты обжаловали данное решение, сославшись на то, что у обвиняемого слабое здоровье, и он не представляет угрозы обществу. Верховный суд счел эти доводы достаточными и отменил арест. Шмакову изменили меру пресечения на подписку о невыезде. В то же время журналист продолжает оставаться под следствием.
Как сообщалось ранее, Шмаков был арестован за серию публикаций с критикой президента Башкирии Муртазы Рахимова. 26 апреля было возбуждено уголовное дело по факту публикации в газете "Провинциальные вести" призывов к открытому захвату власти (ст. 280 ч. 2 УК РФ). Сотрудники ФСБ усмотрели инструкцию по свержению действующего режима и экстремистские лозунги в статьях "Советы бывалого. Инструкция по поведению участников революции во время массовых народных выступлений" за подписью "А.Д." и "Краткая программа чрезвычайных и первоочередных мер Башкирского революционного комитета после успешного осуществления революции на ближайшие 100 дней". Эти статьи были опубликованы в специальном приложении "Площадь восстания", которое распространялось перед митингом протеста 27 апреля, организованным региональным отделением КПРФ и Координационным советом объединенной башкирской оппозиции.
28 апреля Шмаков был задержан, 7 мая прокуратура Башкирии предъявила ему обвинение по двум статьям УК РФ – "публичные призывы к осуществлению экстремистской деятельности" (ст.280 ч.2 УК РФ) и "организация массовых беспорядков" (ст. 212 ч.1 УК РФ). Сообщалось также, что супруга журналиста Людмила Шмакова связывала арест мужа с подготовкой визита в Башкирию экс-премьера Михаила Касьянова. По ее словам, в последнее время Шмаков представлял в Башкирии интересы Народно-демократического союза и в дни перед арестом и обыском как раз готовил визит в Уфу Касьянова.