Начиная с октября 1998 года, прокуратура Абакана преследовала Исаева, обвиняя его в совершении ряда тяжких и особо тяжких преступлений, в том числе в убийстве двух человек. В ходе долгого судебного разбирательства (практически девять лет) и незаконного содержания под стражей в течение 3 лет 9 месяцев и 15 дней Исаев приговором городского суда признан невиновным в преступлениях. На последних судебных заседаниях, Исаев прервал сторону обвинения, которая неоднократно называла его убийцей, и произнес резкие слова. За это он был вновь помещен под арест, и следствие продолжалось около семи месяцев.
Абдулу-Вахаб Исаева признали виновным в совершении преступления ("Оскорбление в суде" ч. 2 ст. 296, ч. 1 ст. 297 УК РФ) и назначили смягчающее наказание в виде одного года лишения свободы условно с испытательным сроком на один год, возложив на него обязательство: регулярно являться для регистрации в уголовно-исполнительную инспекцию, не менять место жительства без уведомления инспекции.
Выступая в защиту подсудимого, юристы Центра указывали на продолжительное и незаконное преследование со стороны прокуратуры Абакана, которое сказалось как на здоровье, так и на психологическом состоянии Исаева. Были предъявлены характеристики с места жительства, прежней работы, с места содержания под стражей, в которых Исаев характеризуется только положительно. Также юристы обратили внимание суда на наличие у Исаева несовершеннолетнего ребенка, с которым он не имел возможности видеться последние годы.
Руководитель Правозащитного центра Дмитрий Ланцов заявил, что Абдула-Вахаб Исаев не только потерял здоровье, что подтверждено медицинскими документами, но и "был лишен возможности общения с семьей. В результате несовершеннолетний ребенок подрастал без отца, а супруга Исаева была вынуждена обходиться без поддержки мужа". Правозащитники намерены добиваться права Исаева на реабилитацию и возмещения причиненных убытков и компенсации морального вреда, а также добиваться оправдания по делу об оскорблении в суде.
