Уголовное преследование Лебедева началось в июле 2005 года. Следователи Тверской облпрокуратуру в рамках уголовного дела в отношении первого заместителя мэра Олега Кудряшова (он обвинялся в неправомерном выделении земельных участков в аренду) решили изъять в мэрии финансовую документацию. Тогда Лебедев и его адвокат Абдулла Экаев заявили, что адрес на ордере на обыск не соответствует реальному, так как бухгалтерия администрации города расположена в другом здании. После перепалки против мэра возбудили уголовное дело, инкриминировав ему вмешательство в деятельность следователя и применение насилия в отношении представителя власти. Его адвоката обвинили в воспрепятствовании осуществления правосудия. Через восемь месяцев дело мэра, как и дело его первого заместителя, было прекращено, а адвокат Экаев получил 3,5 года заключения. Дело Лебедева было возобновлено 25 марта 2008 года, 3 июня он был отстранен от выполнения своих обязанностей на время следствия и суда. 25 июля Лебедев был взят под стражу в зале Тверского областного суда после проведения предварительных слушаний.
На заседании Кашинского городского суда, которое началось 11 августа, в течение дня были утверждены 15 присяжных (12 основных и 3 резервных), после чего на другой день начался допрос подсудимого и свидетелей. Когда Лебедев рассказывал о происшествии, он делал отступления и говорил о деятельности мэрии, что судья счел недопустимым. После нескольких замечаний, он удалил Лебедева с заседания. Адвокаты попытались оправдать действия подсудимого, говоря о том, что его желание сказать то, что он думает, естественно. Они подали ходатайство о возвращении Лебедева в зал суда, но полагают, что вряд ли судья пойдет на это.
Напомним, что Лебедев был избран мэром в июне 2003 года, являясь депутатом Тверской городской думы. Бывший офицер, он был членом Политсовета тверского отделения СПС, затем руководителем тверского отделения "Народной воли". В декабре 2007 года был вновь избран мэром города, победив остальных кандидатов с большим преимуществом. В последние года определился конфликт между городской и областной администрацией, и на выборах 2007 года губернатор имел своего кандидата.
Между тем в Твери отмечается цепь громких дел в отношении тверских руководителей. В феврале 2007 года был снят с должности и обвинен в том, что, будучи учредителем агрофирмы, мошенническим образом присвоил 420 тысяч рублей, первый заместитель губернатора Андрей Григоренко. Следствие в отношении его ведется. Незадолго перед этим, в конце 2006 года, Григоренко был избран в президиум Политсовета тверского отделения "Единой России”. На посту вице-губернатора он курировал приоритетный нацпроект "Развитие агропромышленного комплекса". После начала следственных действия Григоренко скрылся. На выборах в городскую думу в начале 2007 года единороссы получили 30 процентов голосов, что было признано серьезным провалом. В результате на место председателя президиума областного Политсовета "Ебра" избран член Госдумы, глава думского комитета по безопасности Владимир Васильев.
